2009年(平成21年)または2010年(平成22年)に取得した国内の土地等を売却する場合、一定の要件を満たすと、譲渡所得から最大1,000万円を控除できる特例があります。
この制度は「非居住用不動産なら使える一般的な控除」ではありません。取得した年、取得方法、売却した年、他の特例との関係などに条件がある、対象の限られた制度です。国税庁の案内に基づき、適用要件と確認事項を整理します。
土地売却の1,000万円特別控除とは
個人が2009年中に取得した国内の土地または土地の上に存する権利を2015年以降に売却した場合、または2010年中に取得した土地等を2016年以降に売却した場合に、一定の要件を満たせば譲渡所得から最大1,000万円を控除できる特例です。
譲渡所得が1,000万円未満の場合は、その譲渡所得の金額が控除額の上限です。売却代金から1,000万円を差し引く制度ではありません。
主な適用要件
- 個人が2009年1月1日から2010年12月31日までに国内の土地等を取得していること
- 2009年に取得した土地等は2015年以降、2010年に取得した土地等は2016年以降に売却すること
- 親子や夫婦、生計を一にする親族、一定の関係法人など、特別な関係にある者から取得した土地等ではないこと
- 相続、遺贈、贈与、交換、代物弁済などにより取得した土地等ではないこと
- 収用等の特別控除や事業用資産の買換え特例など、一定の他の譲渡所得の特例を適用しないこと
要件は個別事情によって判断が分かれることがあります。土地と建物を一括して取得・売却した場合も、この特例の対象は「土地等」に係る譲渡所得です。
「非居住用だけの控除」ではない点に注意
この特例は、制度名や国税庁の要件上、「非居住用」であることを条件としていません。対象となる取得時期などの要件を満たす土地等について検討する制度です。
一方、マイホームの売却には3,000万円の特別控除など別の制度があります。同じ売却について複数の特例を自由に重ねて使えるとは限らないため、どの制度を適用するかは税額を試算したうえで判断する必要があります。
譲渡所得と控除額の考え方
土地や建物を売却したときの譲渡所得は、原則として次の式で計算します。
譲渡価額 −(取得費+譲渡費用)= 譲渡所得金額
取得費には購入代金や購入時の仲介手数料などが含まれ、建物については減価償却費相当額を差し引きます。譲渡費用には、売却のために直接要した仲介手数料や測量費などが該当します。
たとえば、この特例の対象となる土地等の譲渡所得が800万円であれば、控除できる金額の上限は800万円です。譲渡所得が1,500万円であれば、控除額の上限は1,000万円となります。実際の税額は所有期間、取得費、他の所得や特例などによって異なります。
適用を受けるには確定申告が必要
特例を適用するには、確定申告書に適用を受ける旨を記載し、次の書類などを添付します。
- 譲渡所得の内訳書(土地・建物用)
- 2009年または2010年に取得したことを確認できる登記事項証明書、取得時の売買契約書の写しなど
不動産番号等を記載した明細書を提出することで、登記事項証明書の添付を省略できる場合があります。必要書類や申告方法は、売却前に所轄税務署または税理士へ確認してください。
売却前に確認する資料
- 取得時の売買契約書と精算書
- 登記事項証明書
- 購入時・売却時の仲介手数料や測量費などの領収書
- 他に利用を検討している譲渡所得の特例
税額だけでなく、仲介手数料、印紙税、登記関係費用なども含めた資金計画は、不動産売却にかかる費用一覧もご覧ください。
まとめ|取得年と取得方法を最初に確認する
1,000万円特別控除を検討するときは、まず土地等を取得した日と取得方法を確認します。対象となる期間が限られ、他の特例との併用制限もあるため、「非居住用だから使える」と判断するのは適切ではありません。
EXELIONでは、不動産の査定と売却計画をご案内します。税務上の最終判断や確定申告については、税務署または税理士へご確認ください。
【確認した一次情報】確認日:2026年8月17日
・国税庁「No.3225 平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3225.htm
・国税庁「不動産等を売却した方へ」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/fudousan.htm
※本記事は一般的な制度の説明です。個別の適用可否や税額は、所轄税務署または税理士へご確認ください。

